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ATTENTION : SPOILER!!!
Ceci est une théorie. Elle peut contenir certaines incohérences.

Une immersion dans la folie probablement voulue...
Comme dit plus haut dans la première partie, Travis évoluerait dans la réalité, mais n'en serait pas conscient sous l'action d'Alessa. Elle maintiendrait travis dans un état de folie où tout ce qu'il voit est alterné (jusqu'aux gens!), ce qui lui permettrait d'avoir un agent "physique" docile pour l'aider.
Son aide consisterait à retrouver les parties du Flauros en luttant contre les fanatiques de la secte. En effet, il est bien dit dans un mémo de l'hôpital que les "cinq******" doivent être surveillés ("Protégez-les"). Donc les boss ne sont rien d'autres que des membres de la secte gardant chacun une pièce du Flauros (La cinquième étant caché dans le sous-sol de l'hôpital par Dhalia qui le dit dans un télégramme à Kaufmann.). D'ailleurs Alessa met un gros coup de shoot au cadavre du boss du théâtre, le Caliban, montrant qu'elle ne l'aime vraiment pas.

Travis, oui, mais pourquoi lui?
De la fin Bad, on en déduit que Travis est un meurtrier. Alessa le sait d'ailleurs, et c'est sûrement pourquoi elle l'a choisi lui, pour lutter contre la secte. Elle l'attire volontairement jusqu'à la maison en feu en traversant la route lorsque Travis passe à proximité de la ville. Elle modifie ensuite la vision de Travis afin qu'il affronte la secte sans même savoir qu'il l'affronte (Pour lui, ce sont des monstres qui l'aggressent, pas des humains.). Mais d'autre part, elle lui offre (peut-être) une chance d'affronter ses démons intérieurs. Au final, s'il n'a pas trop tué de gens, juste le nécessaire pour Alessa; alors elle le laisse repartir, serein et guéri parce qu'il aura appris un faux passé sur ses parents (Son père se serait suicidé.) qui le lave de toute culpabilité. C'est la fin Good.
Au contraire, s'il tue trop de gens, Alessa le punit en l'enfermant dans un underground Silent Hilien où il apprend brusquement la vérité (Il est the butcher!). En simultanée dans la réalité, il se fait vraiment pécho et enfermer dans un asile (On voit que quelqu'un lui injecte des produits... Peut-être de L'epolineum. Et là, tout comme sa mère, il reste bloquer dans le monde "derrière le miroir".)

Les gens derrière le miroir...
Là, on peut émettre des hypothèses : les gens de l'ordre se serait servis d'Helen pour tuer Travis, car ces derniers connaîtraient déjà le destin de Travis. Peut-être est-il l'objet d'une prophétie?

Explication par Beralus