La maladie
Mary est-elle vraiment morte il y a 3 ans? La réponse est : non. Laura possède une lettre écrite par Mary, une semaine auparavant, alors qu'elle était bien vivante.
Quand Mary est-elle vraiment morte? Pourquoi James la pense morte de maladie il y a de cela 3 ans?

En réalité, Mary est tombée malade il y a 3 ans. James l'aimait vraiment fort, mais cet événement chamboula tout dans leur couple. James avait beau tout faire pour sauver sa bien aimée, la maladie, incurable, finirait par l'emporter inéluctablement. En plus de cela, la maladie changea radicalement sa femme : devenue hystérique, jalouse de la santé de James, elle le renvoyait lorsqu'il venait pour s'occuper d'elle. Pour James, la Mary qu'il connaissait n'existait plus. Les moments heureux que le couple avait partagés n'étaient plus. Le début de la maladie était synonyme de la mort de sa femme, et James ne pouvait plus supporter sa situation.

Le meurtre
Avant la période que nous jouons dans Silent Hill 2, James a tué Mary en l'étouffant de ses propres mains. Il voulait se libérer de cette présence, mais il voulait également sauver sa bien-aimée de la souffrance inévitable. Après le meurtre, une ombre profonde et obscure s'installe dans le cœur de James. Il décide de se suicider avec le cadavre de Mary dans un lieu de leurs souvenirs communs, Silent Hill. Il met le corps de sa femme dans le coffre de sa voiture et se dirige vers cette ville dominée par la brume.
Dans l'intro du jeu, on voit James transportant le corps d'une femme dans une sorte de couloir de prison. C'est sans doute James qui transporte le cadavre de Mary pour le mettre dans le coffre, mais il est aussi intéressant de penser qu'il s'agit d'une image : James est prisonnier à cause de sa femme, enchaîné par l'amour et la maladie.

Notre "lieu à nous"
Silent Hill est l'endroit où le couple a passé leur voyage de noce. Mary a été notamment frappée par la beauté de cette ville. Bien qu'elle aurait aimé y revenir une prochaine fois avec son mari, son premier voyage fut son dernier. James décide de rester éternellement avec sa femme dans cette ville après le meurtre, en se suicidant avec le cadavre.
Or, cette ville est dotée d'un certain pouvoir. On ne sait pas vraiment quand elle l'a obtenu. Dans Silent Hill 1, Alessa transforme la ville entière en version altérée. On estime qu'elle est devenue "magique" à ce moment-là. Elle a le pouvoir de concrétiser les sentiments des personnes, et de torturer l'âme d'un criminel.
Le choc d'avoir commis un meurtre se fond avec le pouvoir de cette ville. James s'enferme dans un monde alterné créé par son propre esprit pour se punir du meurtre. Mais ne pouvant supporter le poids du crime qu'il a commis, involontairement, il rend coupable la maladie en pensant que Mary est morte il y a 3 ans.

Le monde alterné est une création du meurtrier, réalisée avec l'aide du pouvoir de la ville. Le criminel voit cette vision horrible pour se punir. Ainsi, tous ceux qui ont commis un meurtre voient ce monde alterné de manière plus ou moins différente. James qui a tué sa femme, Angela qui a tué son père, Eddie qui est devenu un tueur inconscient... Tous ces personnages sont venus à Silent Hill car cette ville possède quelque chose qui attire les criminels. Lorsque le meurtrier avoue son crime, le monde alterné disparaît, comme c'est le cas pour James à la fin du jeu.

PS : Les mondes alternés dans les autres Silent Hill sont dus à des raisons différentes, liées plutôt au pouvoir de la secte.

Je m'appelle Maria
Maria est une création de James. Elle représente le fantasme. Elle a exactement la même tête que Mary, sauf que sa coiffure, ses habits et son métier la rendent bien plus attractive pour James : elle est l'opposée de Mary malgré leurs ressemblances physiques. C'est la femme parfaite pour James. Mais ce dernier ne prête pas vraiment son attention à elle. Quand une femme est vraiment parfaite, on ne peut l'aimer.
Maria est un obstacle à James. Elle est là pour lui faire oublier son meurtre et le couler dans ses fantasmes.
PS : James semble avoir pris comme modèle une dauseuse de Heaven's Night qui existe vraiment. Au début du jeu, dans les toilettes, on voit des affiches du Heaven's Night avec une danseuse ressemblant à Maria.

My Dearest Laura...
Lorsqu'on joue la première fois au jeu, on peut penser que Laura est une présence maléfique car à chaque fois qu'on la rencontre, James tombe dans une situation délicate (enfermé dans une salle remplie de Flesh Lips par exemple). Mais en fait, Laura n'a rien de spécial. Elle est devenue amie avec Mary à l'hôpital et elle est venue à Silent Hill pour la retrouver.
Si Laura devait représenter quelque chose, ça serait la pureté. C'est la seule durant le jeu qui ne voit ni les mondes alternés, ni les monstres, ni Maria. De plus, elle aide James sans vraiment le vouloir à se rappeler du meurtre, en lui apprenant qu'elle est devenue amie avec Mary il y a 1 an. Mais James, convaincu que sa femme est morte 3 ans auparavant, ne la croit pas (du moins, à ce moment-là).

J'ai reçu une lettre
La lettre de Mary que James possède depuis le début est juste un extrait de celle qu'on lit à la fin du jeu. En lisant seulement l'extrait, on peut croire que sa femme, morte il y a 3 ans, l'attend à Silent Hill. Cette première lettre est aussi une création de l'imagination de James. Après avoir battu Eddie, James se demande si sa femme est vraiment morte 3 ans auparavant. A partir de là, les phrases de la lettre disparaissent au fur à mesure. Après la mort des 2 Pyramid Heads, elle finit par disparaître totalement, car James n'en a plus besoin. Il connait la vérité.

Les créatures
Les monstres que James croise sont bien sûr des créations de son imagination. Les Lying Figures symbolisent la "souffrance" (ils se débattent à l'intérieur de eux-mêmes et rampent par terre pour fuir de la réalité), les Mannequins symbolisent le "fantasme" (c'est pour ça qu'elles se font violer par Pyramid Head), les Mandarins symbolisent l'"exclusion" (James qui a tué une personne ne pourra plus être accepté par la société, c'est pourquoi le monstre se déplace sous terre, sans se montrer), les Flesh Lips symbolisent Mary qui dort dans son lit à l'hôpital (c'est pour ça qu'on les rencontre dans l'hôpital Brookhaven) et le boss final synthétise le résultat de toute cette aventure ; si c'est "Mary", ça représente la peur de James envers sa femme : il pense qu'elle le déteste pour l'avoir tuée. Si c'est "Maria", c'est tout simplement l'"obstacle" que j'ai expliqué un peu plus haut qui s'est transformé en monstre.
Seuls les Abstract Daddies ont été créés par Angela, et non par James. Ils représentent son souvenir quand elle se faisait violer par son père. Le monstre a pris la forme d'un lit surmonté de deux morceaux de viande, rappelant incontestablement une position sexuelle.

Pyramid Head est sans doute le monstre le plus important du jeu. Ce costume particulier était auparavant attribué aux bourreaux de Silent Hill qui exécutaient les prisonniers. Lorsque James avait vu cela à sa première visite (le tableau qu'on trouve au Historical Society), il l'avait retenu en tant que "symbole de la cruauté". Pyramid Head est le bourreau qui exécute la punition de James. De plus, si ce monstre tue plusieurs fois Maria, c'est pour montrer à James que sa femme est bien morte, et qu'il faut arrêter de rêver. Il est donc là pour aider James à se rappeler de son meurtre. Si à la fin on voit 2 Pyramid Heads, c'est parce que James a tué Eddie en plus de Mary.

There was a hole here...
Vers la fin du jeu, James doit sauter de nombreuse fois dans des trous. Tellement de fois que le joueur ressent une exagération. Mais bien sûr, ces trous signifient quelque chose. Ils montrent que James assume de plus en plus la réalité. Il se laisse tomber dans la réalité et il finit par avouer son crime. Silent Hill est une ville occulte où des trous apparaissent et disparaissent pour enlever l'ombre qui se trouve au fond du cœur des personnes.

La bonne fin?
Après avoir avoué son meurtre, James prend des décisions différentes selon les comportements qu'il a eu durant l'aventure.

Leave : Dans la scène de l'hôpital, on voit James inconsolable, qui vient de tuer sa femme, et Mary qui lui dit avant de mourir "Ne meurs pas...". Ensuite, on voit James partir de Silent Hill avec Laura. James décide de continuer de vivre en oubliant tout ce cauchemar. Bien qu'il ait commis un meurtre, sa femme le pardonne. Ça aurait pu être une bonne fin, mais dans Silent Hill 4, Henry dit que le fils de Franck Sunderland (James donc) a disparu à Silent Hill. La fin Leave ne semble pas être la fin officielle.
In Water : Mary ne pardonne pas son mari qui vient de la tuer. James porte le cadavre et disparaît. On le voit ensuite sauter dans le lac Toluca avec sa voiture (celle qu'on voit au début du jeu, ça montre que le cadavre de Mary se trouvait depuis le début du jeu dans le coffre de la voiture). C'est la bonne fin car James assume son crime et se rappelle de son suicide. Il meurt avec Mary et reste à Silent Hill éternellement.
Maria : C'est la fin médiocre. Avec cette fin, on ne combat pas Maria mais Mary à la fin. Elle ne veut pas pardonner James de l'avoir tuée, et d'avoir créé Maria. James doit tuer une deuxième fois sa femme. Ensuite, on voit James avouer son amour à Maria. James ne peut entièrement accepter son crime et décide plutôt de s'attacher à son fantasme, c'est-à-dire Maria. Si la scène se passe au même endroit qu'au début du jeu, c'est pour montrer que rien n'a été résolu durant l'histoire. James sera emprisonné à Silent Hill car Maria n'est pas une personne réelle. D'ailleurs, on voit Maria qui tousse, James lui propose de se soigner : James va revivre ce qu'il a vécu avec Mary. Il est enfermé dans une souffrance éternelle.
Rebirth : C'est une fin étrange. James décide de faire renaître Mary en utilisant un rituel sacré qui existait depuis longtemps à Silent Hill. On le voit se diriger vers une petite île avec un bateau. Les 4 objets qu'on doit trouver durant la partie pour avoir cette fin sont tous des objets sacrés des sectes de Silent Hill.

Explication par ThoRCX